肇源縣中醫醫院始建于1979年5月。2009年爭取國家、省專項資金和縣匹配資金共4292萬元，于同年異地新建，總占地面積24544平方米，總建筑面積17824平方米，門診、住院各5層，設置床位200張。
中醫院為集醫療、科研、教學、預防為一體的二級甲等中醫醫院。曾榮獲中華醫學管理學會授予的“百姓放心醫院”、省中醫藥管理局授予的“全省中醫藥工作先進單位”、 “全市急診急救工作先進單位”，“醫療器械使用環節質量信得過單位”等榮譽稱號。醫院先后與哈爾濱醫科大學附屬一院、四院，黑龍江省中醫院，黑龍江省中醫藥大學附屬一院、附屬二院，大慶市中醫醫院結成協作醫院，是新農合、醫保、人壽保險定點醫院。
醫院現有醫院現有職工339人，正式職工153人，聘用人員187人，中級以上職稱98人，其中正高職20人（醫17護3），副高職43人（醫23護15技2），中級職稱 35 人（醫13藥4技2），初級37人（醫25護3藥4技5）每床衛生技術人員配比115%。現有醫師87人，其中中醫執業人員41人，中醫執業人員占醫師總數的比例為47%。
醫院設置床位200張，開放床位300張。醫院設置內、外、婦、兒、急診、創傷、肛腸、皮膚、康復、眼科、五官科、口腔科、中醫熏蒸、醫保、治未病等20個臨床科室，外科、內科、婦產科、創傷科、急診科等共設8個住院病區。同時設置核磁、放射線、化驗室、病理、物理診斷等8個醫技科室。其中中醫肛腸科為省級重點專科，下一步我院將重點打造以治未病科為中心的健康體檢中心，以康復科為中心的康復診療中心。
醫療設備有荷蘭飛利浦全身16排螺旋CT機、DR數字成像系統、多功能X射線高頻胃腸系統、全身磁共振診斷儀、四維彩超機、電子纖維內窺鏡、全自動生化分析儀、全血細胞分析儀、病理切片機、C型臂術中定位X線機、進口全身麻醉機、微電腦多功能腰椎治療機等，中醫藥特色設備有經絡診斷治療、骨質疏松檢測和治療儀、動脈硬化檢測儀、體質辨識等設備儀器等，擁有現代化的潔凈層流手術室8間。
自搬遷新址以來，中醫院以“打造全國縣級一流中醫醫院”為發展目標，以“構建和諧醫院，恪守為民情懷”為辦院宗旨，以“醫者仁心，患者稱心”為服務理念，不斷提高醫療服務能力，深化內部運行機制，完善基礎設施建設，各項工作均取得較好成績，醫院患者滿意度不斷提高，目前已成為當地預防、診斷、治療為一體的中醫品牌醫院。
