北京大學深圳醫院原名“深圳市中心醫院”，是深圳市政府投資建成的現代化綜合性醫院。醫院于1999年底建成開業，2001年9月，深圳市政府與北京大學、香港科技大學合作，醫院更名為“北京大學深圳醫院”和“北京大學深圳臨床醫學院”，納入北京大學附屬醫院管理體系。2011年，經廣東省醫院評審委員會評審，認定為三級甲等醫院。
醫院占地面積5.9萬平方米，編制病床800張，實際開放病床1200張。2015年新外科大樓投入使用后，醫院總建筑面積將達22.3萬平方米，病床總數達1600-1800張。醫院總資產達11.3億元，擁有總價值超7.8億元的現代化醫療設備。現有在崗員工2059人，其中擁有副主任醫師以上職稱的高級技術人才681名，碩士以上學位人員535名，有海外留學經歷人員112名。
醫院開設52個臨床醫技科室，其中1個國家級合作重點學科、8個省級臨床重點醫學專科、1個省級重點實驗室、8個市級重點學科及實驗室。醫院開展的一大批醫學高新技術和特色服務項目，吸引了深圳、香港、澳門以及周邊地區的大批患者，還有來自全球36個國家和地區的外賓前來就診。2014年醫院年門急診總量約295萬人次，年出院病人4.98萬人次，年手術量3萬多臺次。作為臨床醫學院，醫院設立了內、外、婦、兒等二級教研室23個，三級教研室27個。年接收北京大學本科、研究生、臨床實習生50多名，其他實習、進修人員100多名。現已建立博士后科研工作站1個，博士培養點5個，碩士培養點37個，共有碩士、博士導師108名。現承擔10多項國家、省自然科學基金項目，630多項國家、省部、市級科研課題，并獲得多項國家、省、市科技成果和國家專利。
醫院與北京大學、香港科技大學在技術和學術方面展開了廣泛的交流與合作，逐步拓展對外交流渠道。醫院與日本東京癌研有明病院、日本獨協醫科大學病院、南加州大學洛杉磯兒童醫院建立了姊妹醫院關系，并與國際知名的美國休斯頓醫學中心、華盛頓大學醫學中心、麻省總醫院、加利弗尼亞大學舊金山醫學中心和法國尼斯醫學中心建立了密切的交流合作關系，并多次互訪增進合作。
“仁心仁術，博學博愛”。伴隨這一使命和責任的傳承，年輕的北京大學深圳醫院將在“同享醫學成果，共度健康人生”的路上，執著、堅定地不斷前進！
