扁平疣的治愈是一個比較長期的過程。扁平疣是由于感染了人類乳頭瘤病毒的低危亞型引起。扁平疣在逐漸愈合期間，慢慢地會先出現顏色的改變，顏色逐漸變深變暗，這是由于疣體萎縮，色素代謝障礙使顏色變深；其次疣體體積會縮小皺縮，表現出萎縮的特征。個別疣體由于基底部的破壞會出現逐步脫落的情況。因而也會出現輕微發紅的癥狀。但扁平疣的愈合癥狀也是因人而異的，個別人會有不同的癥狀出現。